Trong năm 2009, đồng sáng tạo Teenage Mutant Ninja Turtles là họa sĩ Peter Alan Laiddazddaz xác nhận với giới truyền thông về việc bán bản quyền thương hiệu cho hãng Nickelodeon. Từ đây việc phát triển các loại hình ăn theo của Teenage Mutant Ninja Turtles bắt đầu từ những năm 2011 và nở rộ với bộ phim seri hoạt hình 3D trong năm 2012. Trước đó dòng phim Teenage Mutant Ninja Turtles đã từng lên phim bằng CGI một lần vào năm 2007 do ba hãng hợp tác bao gồm Imagi Animation Studios, Warner Bros. Pictures và The Weinstein Company, tuy nhiên cách này không hiệu quả do những ý kiến phản hồi từ người hâm mộ rằng bộ phim nó có một kịch bản quá tệ và không quá hoành tráng như mong đợi. Vì vậy ngay sau khi hãng Nickelodeon mua lại bản quyền từ năm 2009, hãng đã đích thân nộp đề án làm phim này cho đạo diễn kiêm nhà sản xuất Michael Bay, kết quả thật không ngoài sự mong đợi đó là một cái gật đầu và bộ phim đã được lên kế hoạch thực hiện ngay sau đó 2 năm thông qua vài lần úp mở tại ComicCon.

Kế hoạch quay bộ phim bắt đầu vào 22/3/2013 tại Tupper Lake, New York với phần thô (để tiện việc lồng ghép kĩ xảo sau này khi lên phim). Lúc này Megan Fox đã được thông báo để được chọn vào vai nữ phóng viên April trong khoảng tháng 2 /2013,  đây là sự tái hợp của cô với Michael Bay sau khi cô bị từ chối hợp tác trong bộ phim Transformers: Dark of the Moon theo chỉ thị của Steven Spielberg vì đã dám so sánh ông ta là kẻ độc tài như Hitler. Vụ việc lùm xùm này đã khiến tên tuổi Megan Fox hầu như xuống dốc từ năm 2011, nhưng may mắn là chồng của cô nam diễn viên Brian Austin Green đã phải đến gặp và xin lỗi trực tiếp hai vị đạo diễn trên nên Megan Fox mới có cơ hội quay lại với xưởng phim của Steven Spielberg.

Câu chuyện về các Ninja Rùa ra đời từ một ý tưởng bất chợt của hai người bạn họa sĩ: Kevin Eastman và Peter Laird trong một căn hộ tại New Hampshire (gần New York). Với dự định ban đầu là để nhại 4 nhân vật truyện tranh nổi tiếng thời bấy giờ (Dare Devil, New Mutants, Cerebus và Ronin) nhưng 4 chú rùa đột biến màu xanh với trang phục và kỹ năng chiến đấu của những Ninja nhanh chóng được hâm mộ và tạo nên cơn sốt thực sự.